V roce 2017, kdy Agrofert přešel do dvojice svěřenských fondů, se firmě přestalo v podnikání dařit tak jako doposud. Zisk klesl na 4,5 miliardy, což je nejméně za posledních šest let. Dotací však získal Agrofert v témže roce dosud nejvíce – přes dvě miliardy korun. Necelou miliardu z toho tvořily peníze z Evropské unie. K miliardě se blíží i částka za rok 2018.
Právě kvůli evropským dotacím pro Agrofert do Česka příští týden, ve dnech 14. – 18. ledna, dorazí kontroloři Evropské komise. Jejich audit bude prověřovat především podezření evropských úřadů, že je český premiér Andrej Babiš právě kvůli dotacím pro svou firmu ve střetu zájmů.
Státní zemědělský intervenční fond proto už od 2. srpna 2018 (kdy začala platit nová finanční nařízení EU týkající se střetu zájmů) neproplatil Agrofertu žádný nový projekt z evropského Programu rozvoje venkova (PRV).